Considerata il drammatico "punto di non ritorno" dell'intera opera, questa stagione inizia con brillanti parentesi comiche per poi precipitare in una spirale di oscurità assoluta. L'epico Arco dell'Assassinio dello Shogun culmina nell'attesissimo, fatale scontro fratricida tra Gintoki e Takasugi, seguito subito dopo dal sanguinoso smantellamento della Shinsengumi. Con l'ingresso in scena della divina e immortale entità nota come Utsuro, ogni certezza crolla, lasciando i protagonisti e l'intera nazione in macerie.