L'azione entra nel vivo con l'introduzione dei primi, grandi archi narrativi lunghi e drammatici. Il passato torna a tormentare Gintoki nel celebre Arco di Benizakura, dove incrocerà le lame con l'ex compagno d'armi e ora letale terrorista, Takasugi Shinsuke. La stagione espande l'universo narrativo introducendo nuovi iconici alleati e scavando nel profondo e doloroso passato della Shinsengumi, bilanciando magistralmente l'umorismo grottesco e meta-narrativo con combattimenti viscerali e momenti di pura emozione.