Dopo una lunga pausa, l'anime torna con una veste grafica rinnovata e una narrazione ancor più cruda e matura. Kabukicho sprofonda nel caos a causa di una brutale guerra tra clan malavitosi, costringendo Gintoki ad affrontare un abisso di furia e sangue per proteggere la sua "famiglia". Con l'introduzione dell'infallibile e fredda polizia d'élite Mimawarigumi, le alleanze e le rivalità storiche vengono messe a dura prova in scontri mozzafiato che cambieranno per sempre il volto del distretto.