Học viện Waldstein là nơi chuyên nghiên cứu các ngành huyền bí, nên được gọi là Học Viện Huyền Bí. Maya Kumashiro trở về đây dự đám tang của cựu hiệu trưởng Junichiro Kumashiro — cha cô. Maya, kẻ hoài nghi ghét huyền bí, gặp Fumiaki Uchida — đặc vụ thời gian từ tương lai được gửi về năm 1999 để ngăn lời tiên tri khải huyền của Nostradamus thành hiện thực. Lời tiên đoán nói trường học sẽ là tâm chấn của thảm họa hủy diệt thế giới. Họ phải hợp tác để khám phá không chỉ sự thật về cái chết của cha cô, mà trong thời gian có hạn phải tìm ra chìa khóa khởi đầu cho sự kết thúc.