Mười bốn năm sau khi đánh bại chiến binh bất tử Himuro Genma và ngăn chặn kế hoạch xấu xa của Shogun of the Dark, Kibagami Jubei tiếp tục lang thang khắp Nhật Bản với tư cách là một kiếm sĩ bậc thầy. Trong cuộc hành trình của mình, anh gặp Shigure, một nữ tu sĩ chưa bao giờ nhìn thấy thế giới bên ngoài ngôi làng của mình.