Lawrence III, một kẻ sưu tầm Pokémon ngạo mạn, đã phá vỡ sự cân bằng tự nhiên khi săn lùng bộ ba vị thần chim cai quản thời tiết tại quần đảo Orange: Moltres (Thần Lửa), Zapdos (Thần Lôi) và Articuno (Thần Băng) để phục vụ cho tham vọng ích kỷ của mình. Sự mất cân bằng nghiêm trọng này khiến thời tiết toàn cầu hoàn toàn đảo điên, đẩy Trái Đất vào bờ vực diệt vong bởi những thiên tai tàn khốc và những cơn bão hủy diệt. Cơn thịnh nộ của các vị thần chỉ có thể được xoa dịu bởi một "Người Được Chọn" theo lời tiên tri cổ xưa của bộ tộc đảo Shamouti.