В детстве Такаши Нацуме считал свою способность видеть ёкаев всего лишь проклятием. Теперь, будучи старшеклассником, Нацуме сумел залечить старые раны и установить нерушимые связи как с людьми, так и с ёкаями. Новые дружеские отношения Нацуме, включая дружбу с его духовным телохранителем Мадарой, по прозвищу «Нянко-сэнсэй», часто переплетаются с его обязанностью вернуть имена духов, записанные в Книге Друзей, памятном творении его покойной бабушки Рейко. В то время как к нему обращаются всё новые и новые ёкаи, Нацуме обнаруживает, что ему ещё многое предстоит узнать об окружающем его мире.