Antes da era do homem pré-histórico, uma espécie alienígena habitava a Terra. Negligentes com o poder que possuíam, eles acabaram por causar a sua própria extinção. Os alienígenas deixaram um aviso para as civilizações futuras em tabuinhas indestrutíveis: destruir quaisquer vestígios da tecnologia criada pela sua espécie. A Corporação ARCAM e a sua unidade paramilitar, os Spriggans, procuram selar as relíquias e impedir que actores renegados explorem os seus poderes. A descoberta da ARCAM nas montanhas Ararat do que se acredita ser a mítica Arca de Noé, Spriggan Yuu Ominae foi enviado para investigar. O local é emboscado pelo US Machine Corps, uma facção radical do Departamento de Defesa liderada pelo coronel MacDougall. Sob ordens do Pentágono, MacDougall procura capturar o cientista-chefe da ARCAM e apreender o artefacto. Com o seu colega Spriggan Jean Jacquemondo, Yuu deve impedir MacDougall e os soldados de elite do Machine Corps de avançarem sobre a Arca antes que seja tarde.