Eines Tages, als der 17-jährige Shou noch ein normaler Oberschüler war, hört er auf dem Heimweg zusammen mit Mizuki, in die er insgeheim verliebt ist, eine laute Explosion. Während die beiden den Ort des Geschehens untersuchen, entdecken sie ein mysteriöses Metallobjekt, das sich später als »Guyver Unit«-Mecha entpuppt. Shou verschmilzt plötzlich mit der seltsamen Maschine, wodurch er zum übermenschlichen Guyver I mutiert. Mizuki fällt daraufhin kurzerhand in Ohnmacht und Shou muss sich nun alleine mit dem angreifenden »Zoanoid« Gregole, einer Art Biokreatur, die von einer machthungrigen Organisation befehligt wird, auseinandersetzen. Wird er es schaffen, das Mädchen zu verteidigen und selbst heil aus der Sache herauskommen?